โรงเรียนบรรจงรัตน์ได้เข้าร่วมโครงการสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2546 ณ ห้องประชุมพระราชวังดุสิต กรุงเทพมหานคร โดยโรงเรียนเป็นสมาชิกสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน หมายเลข 7-15000-001 และโรงเรียนบรรจงรัตน์ได้สนองพระราชดำริในการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์ให้ยั่งยืน โดยการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนตามองค์ประกอบ งานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนและศึกษาหาความรู้เพิ่มตเิมจากพืชที่มีอยู่ในโรงเรียน
